El 13 de mayo de 1524 desembarcan en Veracruz los primeros doce franciscanos que vinieron a ayudar a Hernán Cortés a evangelizar a los indios de México. Posteriormente son enviados dos más para evangelizar esta zona de la Provincia de Ávalos y los territorios de la Nueva Galicia, lo que hoy conocemos como parte del estado de Jalisco. En 1525 fray Martín de Jesús o de la Coruña, uno de los primeros doce franciscanos, en compañía de los frailes Juan de Padilla y Miguel de Bolonia, fueron los que se dedicaron a fundar los primeros conventos de doctrinas por estas zonas.
El primero de ellos se ubicó en Guadalajara, en la zona del centro, el segundo en Zapotlán (hoy Ciudad Guzmán), en la zona sur, el tercero en el pueblo de Etzatlán, para la zona del occidente, y el cuarto en Juchipila, Zacatecas, para la zona norte y noreste.
La Provincia de Ávalos recibe tal denominación porque fue conquistada por Juan Álvarez Chico y Alonso de Ávalos, quienes se adentraron por las tierras de Colima, Zapotlán y Sayula. Eran los primeros españoles que formaban parte del equipo de Hernán Cortés que se establecieron por estos lugares, quedando bajo la jurisdicción de la Nueva España. De esta manera queda separada de las expediciones que más adelante realizaría Nuño Beltrán de Guzmán, en la zona conocida como la Nueva Galicia.
Después del establecimiento del convento en Zapotlán, los indios de los pueblos aledaños, entre los que se contaban los de Teocuitatlán, tenían que acudir a este lugar. En 1547 se funda el convento de Amacueca y, por su cercanía, los de Teocuitatlán comenzaron a congregarse en él. Posteriormente, en 1568, pasaron al convento de Atoyac, por la misma razón. Es hasta 1597 que se funda el convento de doctrina en Teocuitatlán, teniendo como primer vicario religioso al padre fray Andrés de Aldana, quien fue su fundador, según lo relata fray Antonio Tello en su Crónica miscelánea de la Santa Provincia de Jalisco.
Las actividades que realizaron los religiosos franciscanos al llegar fueron “construir iglesias, conventos, hospitales, etc. y dentro de la obra espiritual fue la predicación, la administración de los sacramentos y el régimen pastoral de los indios”.
En los pueblos donde se fundaron conventos de doctrina fueron enviados de dos a tres franciscanos para que se encargaran de dicha administración. En el archivo de la Parroquia de San Miguel Arcángel se encuentra un libro de bautismos del año de 1600. Es el más antiguo tesoro, memoria escrita de los antiguos pobladores de Teocuitatlán y de los habitantes de los pueblos que pertenecieron a su jurisdicción, como Tuxcueca, Tizapán el Alto y los vecinos de la Sierra o Pueblo Nuevo, en la actualidad conocido como Concepción de Buenos Aires.
Los franciscanos también se encargaron de la administración de las capillas y hospitales de indios. En Teocuitatlán, pueblo de indios, aunque tenía convento e iglesia, se permitió la construcción de capilla y hospital, donde se veneraba la imagen de la Limpia Concepción, mejor conocida en la actualidad como la Purísima Concepción. Tanto la capilla como el hospital estuvieron dedicados a su cofradía. Los franciscanos se encargaban de asignar un administrador o mayordomo a cargo de los bienes de la misma, los cuales consistían en un terreno donde se resguardaban los animales propiedad de la cofradía: vacas, becerros, borregos, caballos, etc., fundamentales para el sostén del hospital y para la celebración de las fiestas de la imagen de la Limpia Concepción. Se vendían algunos de los animales, y con los recursos se solemnizaba la misa, se compraba la cera para alumbrar dicha capilla y los cohetes para la fiesta. Los franciscanos eran los encargados de revisar continuamente la administración de estos bienes.
Para supervisar que se llevara de manera adecuada la administración de estos conventos de doctrina se realizaban las visitas pastorales, a cargo del obispo de la diócesis de Guadalajara. Según las crónicas de estas visitas, la más antigua de que tenemos registro fue realizada por el obispo Felipe Galindo el 10 de enero de 1698, quien fue recibido por el fraile Juan Valero, el cura ministro de doctrina, acompañado por otros dos frailes: fray Francisco de Nájera y fray Joseph Márquez.
La siguiente visita corrió a cargo del obispo Diego Camacho y Ávila, el 5 de diciembre de 1707, recibido en la puerta de la entrada del convento por el cura ministro de doctrina fray Antonio García.
El siguiente en realizar la visita a Teocuitatlán fue el obispo Nicolás Carlos de Mimbela, el 21 de enero de 1731, recibido en la puerta de la iglesia por el padre fray Domingo Andrade, único religioso en dicho convento, junto con el padre fray Manuel Chincilla, quien era teniente de cura, ministro del pueblo de Tizapán.
La siguiente visita fue realizada por el obispo Francisco de San Buenaventura Martínez de Tejada, quien llega a Teocuitatlán el 1 de julio de 1757, recibido en la entrada parroquial por el licenciado Juan Manuel del Solar, cura beneficiado.
Por la cédula real del 1 de febrero de 1753 el rey Fernando VI comunica haber determinado que los curatos que estuvieran a cargo de regulares se cubrieran con curas seculares. El último franciscano que estuvo en el convento de Teocuitatlán fue fray Ignacio Antonio de Villegas, según el libro de casamientos de 1755.
Ese mismo año llega el primer cura secular, Juan Manuel del Solar, a hacerse cargo de la administración de la parroquia de Teocuitatlán.
En la actualidad la construcción de la parroquia ya no tiene ningún rasgo que nos muestre que los religiosos franciscanos estuvieron ahí, enseñando la fe católica a los habitantes de Teocuitatlán, pues la iglesia fue reconstruida casi en su totalidad a finales del siglo XIX por el cura Julio Mascorro Barboza, quien comenzó esas obras por los años de 1870 aproximadamente. Sin embargo, sí disponemos de documentos que comprueban la presencia de los franciscanos, y son los primeros libros de bautismos, matrimonios y defunciones que se conservan en el archivo de la parroquia.
